DNAnexus 案例研究

DNAnexus 總部位於加利福尼亞州山景城，透過提供以 API 為基礎的平台來共享和管理加速基因體學研究的資料和工具，建立全球基因體學網。在 DNAnexus 上，企業可以擴展基因體分析工作負載、一致部署工具、控制資料來源，並在安全和符合法規的環境中促進全球合作。DNAnexus 平台使世界各地的科學家和臨床醫生能夠加速醫學進步、改善患者照護，並推進癌症、心臟病、阿茲海默症、非侵入性產前檢測和增強農業生產等領域的研究和開發。

基因體學的快速發展正在徹底改變科學研究，導致精準醫療等領域發生巨大的變化，並改善了世界糧食供應。次世代定序 (NGS) 技術的速度提高和成本降低已經超過了莫耳定律。1,000 美元的基因體現在已是事實。現在的瓶頸是基因體資訊學和資料可移植性；研究人員沒有運算能力，也沒有基礎設施來管理他們正在建立的大量原始定序資料。此外，研究和臨床試驗的全球範圍需要一個安全且符合法規的環境，研究人員可以在其中即時共享和合作資料集和工具。

DNAnexus 執行長 Richard Daly 表示：「以推動大規模基因體研究所需的基因體資料規模管理和分析，需要超出大多數機構能力的運算和儲存基礎設施。我們尋求一種方法，為從事研究和臨床工作的企業提供專注於科學的資源，以及在安全和符合法規的環境中與同行合作的能力。」 為此，DNAnexus 開發以雲端為基礎的基因體資訊學和資料管理平台。

DNAnexus 仔細檢查了適用的雲端服務選項，以找到能夠滿足公司要求同時支援臨床符合法規標準的供應商。該公司選擇 Amazon Web Services (AWS) 作為其雲端供應商，因為 AWS 能提供數以萬計的運算核心，儲存數 PB 的資料，並提供高度複雜和敏感的研究活動所需的可靠性、安全性和法規符合性。

DNAnexus 將其客戶的基因體管道部署在 Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) 上，使用 Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) 進行高效能、高耐用性儲存，並使用 Amazon Glacier 進行低成本資料歸檔。AWS 也為 DNAnexus 提供商業夥伴協議 (BAA)，使 DNAnexus 得以提供同級最佳安全性，並遵守美國與國際的醫療保健法。 

在 AWS 上，DNAnexus 特定領域的資料管理平台提供量身訂製的法規符合性和安全性，並提供細分的資料管理，以實現一致的生物資訊學管道和結果的透明度、可重複性和資料來源。

使用 AWS，DNAnexus 已擴展到超過 56,000 個同步運算核心、數 PB 的儲存和數千萬核心時間的分析。DNAnexus 提供 GUI 和命令行工具，允許客戶將原始 DNA 資料直接從定序儀器上傳至雲端，無需昂貴的內部部署運算和儲存基礎設施。

Amazon EC2 託管用於 DNAnexus 客戶基因體分析的平台服務。對於 DNA 分析，該公司開發了在 Amazon EC2 執行個體上運作的自訂佇列系統，並能可靠地處理資料處理中的任何中斷。DNAnexus 利用 Amazon EC2 的各種執行個體類型和多種定價計劃，包括預留和 Spot 執行個體。在 AWS 上執行允許 DNAnexus 提供資源消耗的可見性，並按分鐘而非按小時計費，為 DNAnexus 客戶提供極具吸引力的定價模式。

Amazon Web Services 已展現對各項標準的法規符合性，像是 HIPAA、ISO27001、SOC 1/2/3、ISO9001、FedRamp 和 FISMA，因此 DNAnexus 提供的平台可讓客戶進行各種規模和範圍的臨床符合法規專案、對分析和安全性的品質和效率更加有信心，以及更易於合作。

DNAnexus 首席雲端長官 Omar Serang 表示：「AWS 使我們能夠部署以雲端為基礎的基礎設施，以支援客戶的研究和臨床需求。AWS 基礎設施和 DNAnexus 平台控制與經認證法規符合性的組合，使我們能符合 HIPAA、CAP/CLIA、GxP 及其他隱私法律和法規的嚴格要求。」